第一，依照臨床特征來合理選用，如需盡快建立一個腸道正常菌群，宜用雙歧三聯(lián)活菌膠囊（培菲康），其所含的糞鏈球菌、嗜酸乳桿菌、雙歧桿菌分別定植在腸道上、中、下部位，迅速繁殖，作用快而持久，在整個腸道形成一道屏障。或選用金雙歧，亦為長雙歧桿菌、保加利亞乳桿菌、嗜熱鏈球菌的三聯(lián)活菌制劑，其中長雙歧桿菌更適宜國人。對痙攣性和功能性便秘者，可選用雙歧桿菌、嗜酸乳桿菌、乳酸菌、乳酸菌素等，其成分為乳酸菌、雙歧桿菌，這些活菌在繁殖中會產(chǎn)生有機酸，使腸管水分的分泌增加，同時腸道的酸性降低，促使大便中水量增多而使糞便易于排出。
第二，對偽膜性腸炎或食物中毒可首選酪酸菌，其耐酸且抗腐敗性強。
第三，微生態(tài)制劑大多數(shù)為細菌和蛋白，在服用時注意過敏反應(yīng)。
第四，微生態(tài)制劑服后，對抗生素的耐藥性是否轉(zhuǎn)移，目前的研究暫時表明，除少數(shù)乳酸菌的抗藥基因有編碼可在遠緣細菌轉(zhuǎn)移外，大多數(shù)乳酸菌、雙歧桿菌的耐藥性為非轉(zhuǎn)移的。單鑒于缺乏大樣本循證醫(yī)學(xué)的研究結(jié)論，迄今只僅僅為推論。
