在DNA親子鑒定中，等位基因缺失(Allele Dropout)是一個(gè)可能干擾結(jié)果準(zhǔn)確性的技術(shù)難題。它指某個(gè)等位基因因擴(kuò)增失敗未被檢測到，導(dǎo)致基因分型錯(cuò)誤(如雜合子被誤判為純合子)，進(jìn)而影響親子關(guān)系判斷。以下是處理這一問題的核心方法及科學(xué)依據(jù)：

一、等位基因缺失的成因

引物結(jié)合區(qū)突變

若DNA模板在引物3′端或其附近發(fā)生堿基變異(如單堿基突變)，可能導(dǎo)致PCR擴(kuò)增失敗。例如，某案例中AmpFlSTR?試劑盒因引物結(jié)合區(qū)第二堿基的A-T突變，導(dǎo)致VWA基因座的等位基因19無法擴(kuò)增。

DNA模板質(zhì)量差

微量或降解的DNA樣本可能因模板量不足或片段化，引發(fā)優(yōu)勢擴(kuò)增(小片段等位基因優(yōu)先擴(kuò)增)，造成大片段等位基因丟失。

試劑盒引物設(shè)計(jì)差異

不同試劑盒的引物結(jié)合位點(diǎn)不同，可能因覆蓋的變異區(qū)域不同導(dǎo)致結(jié)果差異。例如，同一DNA樣本用PowerPlex和AmpFlSTR?試劑盒檢測時(shí)，某基因座分型結(jié)果不一致。

二、檢測與識(shí)別方法

統(tǒng)計(jì)學(xué)分析

通過Hardy-Weinberg平衡定律計(jì)算純合子預(yù)期值，若觀察到的純合子數(shù)量異常增多，可能提示無效等位基因存在。

多試劑盒交叉驗(yàn)證

更換不同引物設(shè)計(jì)的試劑盒重新檢測。例如，某案例中通過Identifiler?系統(tǒng)糾正了PowerPlex16在TH01基因座的等位基因丟失。

單基因座擴(kuò)增驗(yàn)證

對(duì)疑似缺失的基因座單獨(dú)設(shè)計(jì)引物擴(kuò)增，避免復(fù)合擴(kuò)增中的競爭抑制。

三、解決方案與應(yīng)對(duì)策略

增加檢測位點(diǎn)

若1-2個(gè)基因座不匹配，可通過增加STR位點(diǎn)數(shù)量(如從20個(gè)增至40個(gè))并計(jì)算累積親權(quán)指數(shù)(CPI)。若突變步數(shù)小(如1-2步)，通?？膳卸橥蛔兌桥懦H子關(guān)系。

優(yōu)化實(shí)驗(yàn)條件

短片段STR(miniSTR)技術(shù)：重新設(shè)計(jì)引物靠近核心重復(fù)區(qū)，縮短擴(kuò)增片段長度，提高降解DNA的分型成功率。

使用高靈敏度試劑：如耐抑制劑的DNA聚合酶(如Tth酶)或磁珠法純化DNA，減少抑制劑干擾。

結(jié)合突變率計(jì)算

若等位基因缺失可能由突變引起，可參考AABB公布的STR位點(diǎn)突變率(如D18S51父系突變率0.002)，通過公式調(diào)整親權(quán)指數(shù)計(jì)算。

四、實(shí)際案例參考

案例1：某親子鑒定中，D18S51基因座父方為14/23，子代為15/20，經(jīng)多步突變分析后確認(rèn)親子關(guān)系，CPI達(dá)1.58×101?。

案例2：Penta E基因座因6步突變導(dǎo)致等位基因19丟失，更換試劑盒后驗(yàn)證為雜合子，避免誤判。

五、總結(jié)

等位基因缺失是親子鑒定中的技術(shù)挑戰(zhàn)，但通過多試劑盒驗(yàn)證、優(yōu)化實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)及統(tǒng)計(jì)學(xué)分析，可有效降低誤判風(fēng)險(xiǎn)。選擇正規(guī)鑒定機(jī)構(gòu)(如使用毛細(xì)管電泳和GeneMapper軟件分析)并增加檢測位點(diǎn)，是確保結(jié)果準(zhǔn)確的關(guān)鍵。

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